هناك عدد من العقبات والتحديات التي تواجه الباحثين أثناء عملية التحليل الإحصائي في البحوث النوعية تتمثل في الآتي:
1- صعوبة إجراءات خطوات التحليل:
لا توجد طريقة يسيرة وصحيحة لتنفيذ إجراءات التحليل الإحصائي في البحث النوعي، فضلاً عن تعاظم كم الوثائق والمستندات المطلوب التعامل معها بأسلوب نوعي، والحاجة إلى قدرات تحليلية وذهنية عالية لدى الباحث، للتعامل مع عمليات الفرز والتصنيف وإعادة ترميز الفئات وتحديدها، ومن ثم التركيز على المهم وإلغاء البيانات المكررة.
2- ذاتية الباحث:
تعتمد طريقة التحليل الإحصائي في البحوث النوعية بشكل كامل على طريقة فهم الباحث لموضوع الدراسة، وفي هذه الحالة عندما يجري باحثان تشفيراً أو ترميزاً للنص ففي أغلب الأوقات لا يصلان إلى النتيجة نفسها، ولا يرجع ذلك إلى أن الترميز الخاص بهما مختلف فحسب بل لأن أجزاء النص التي جرى عليها الترميز قد تختلف ويرجع السبب في ذلك إلى أن النص والمحتوى عبارة عن مجموعة معقدة من المعاني التي قد يفهمها كل باحث بطريقة مختلفة عن الآخر.
ما المقصود بالترميز:
وهو عملية تقسيم البيانات إلى أقسام أو أجزاء من خلال نظام تصنيفي ويقوم الباحث على تطوير النظام التصنيفي عن طريقة استخدام واحدة من الاستراتيجيات الثلاثة الآتية:-
- تجزئة البيانات إلى وحدات من المعاني تدعي موضوعات وتجمع الموضوعات إلى مجموعات أكبر لتشكيل أو صياغة الفئات.
- البدء بعدد من الفئات المحددة مسبقاً وتقسيم كل فئة إلى فئات فرعية، أصفر.
- الربط (الدمج) بين هذه الاستراتيجيات مع بعضها البعض الأولى والثانية هذه الاستراتيجيات مجرد نقاط بدء مختلفة لخلق نظام تنظيمي.
3- تحدي الموثوقية:
تواجه البحوث النوعية بشكل عام تحدياً جوهرياً يتعلق بالمصداقية والموثوقية في مختلف مراحل إجراء البحوث النوعية، بدايةً من التخطيط وصولاً إلى عملية التحليل الإحصائي وذلك نظراً لاعتمادها بشكل رئيسي على ذاتية الباحث.