على الرغم من المميزات الكثيرة لأداة المقابلة واستخداماتها المتعددة لتحصيل أكبر كم من المعلومات تفيد الباحث والبحث العلمي، إلا إنها بها بعض العيوب ومنها:
1- أن المقابلة ذات تكلفة عالية سواء كانت مادية أو في الوقت أو المجهود، حيث تحتاج إلى وقت كبير أثناء إعدادها أو أثناء إجراء المقابلة عند توجيه الأسئلة والاستفسارات للأفراد المعنيين بالمقابلة.
2- من الممكن أن يخطئ الباحث في تسجيل المعلومات التي يتحصل عليها، لذلك يجب أن يستعين الباحث بجهاز تسجيل أثناء إجراء المقابلة.
3- إذا افتقد الباحث للباقة والجرأة والمهارة الكافية لا يستطيع الحصول على كل المعلومات المطلوبة للبحث الخاص به من خلال المقابلة.
4- تتأثر المقابلة بشكل كبير بالحالة النفسية لكل من الباحث والأفراد المعنيين بالمقابلة، ومن ثم من الممكن أن يكون هناك تحيز شخصي من كلا الجانبين.
5- يعتمد نجاح المقابلة بشكل كبير على رغبة المستجيب في التعاون وإعطاء المعلومات الدقيقة فإذا كان الشخص المعني بالمقابلة غير راغب في إعطاء المعلومات لم يصل الباحث إلى الهدف المرجو من إجراء المقابلة.
6- صعوبة ترتيب أوقات المقابلة مع جميع الأفراد المعنين بالمقابلة.
7- يمكن أن يكون هناك بعض التحفظات لدى المستجيب عند الإدلاء برأيه وببعض المعلومات تخوفاً من الكشف عن شخصيته.
8- عدم تماثل طرق طرح الأسئلة من قِبَل الباحث، مما يؤدي إلى ظهور بعض الاختلافات في الإجابات من المستجيبين (المحمودي، 2019).