يمكن تقسم ملاحظات المناقشين على مضمون الرسالة إلى ثلاثة أنواع رئيسية، ويتضمن كل نوع من هذه الأنواع العديد من الملاحظات الهامة والرئيسية وتتمثل في الآتي:
أولاً: الملاحظات المنهجية للمناقشين:
هي تتمثل في الملاحظات التي تختص بمنهج البحث وإجراءاته، والضوابط التي تعتمدها الجامعة أو الكلية التابع لها الباحث وتتضمن أيضاً التوثيق العلمي وكيفية التعامل مع النصوص والمصادر والمراجع، وتشمل هذه الملاحظات الآتي:
- الدراسات السابقة وتقصير الباحث في عرضها بالإضافة إلى تقصير الباحث في عرض بعض موضوعات مقدمة الرسالة على الرغم من كونها تتمتع بأهمية كبيرة مثل (أهمية وأهداف البحث وأسئلة البحث) أو أن يقوم الباحث بالخلط بين هذه العناصر فكثير من الباحثين يخلط بين أهداف البحث وأهميته، أو بين حدود الدراسة إجراءاتها.
- وقوع الباحث في أخطاء تراجم الأعلام ومن هذه الأخطاء فيما يتعلق بالترجمة للمشهور وترك غير المشهور، ويكون ذلك عكس ما ادعه في المقدمة من الاقتصار على الترجمة لغير المشهورين.
- الاستطراد حتى يخرج الباحث من الموضوع الذي يقوم بدارسته ويبحث فيه، مما يثقل كاهل الرسالة بل من الممكن أن يجهل القارئ ما الموضوع الذي يقرأ فيه أو ما هو موضوع الرسالة، وذلك نتيجة لكثرة الاستطرادات والتوسع في النصوص والعناوين.
- التكرار من الملاحظات المنهجية مثل تكرار وإعادة النصوص والأقوال والفقرات في أكثر من مبحث وفصل داخل الرسالة.
- نقل المعلومات الطويلة عن العلماء والباحثين وفي بعض الأبحاث يستغرق هذا النقل أكثر من صفحة.
- قيام الباحث بعرض نتائج كبيرة قبل البدء في البحث والمناقشة، وكأن الباحث ينهي البحث قبل بدايته.
- عدم ذكر الباحث لأصل الكلمة أو تعريفها لغوياً وهذا خطأ يتم ذكره في الملاحظات المنهجية التي يمكن أن يوجهها المناقشين للباحث.
- من أهم الملاحظات والتي يقع فيها العديد من الباحثين عدم تناسب حجم فصول وأقسام الرسالة العلمية وتفاوتها وذلك ناتج عن أن الباحث لم يعالج أخطاء خطة البحث أو أن الباحث لم يصحح التصور المبدئي لخطة البحث فيمكن للباحث بعد المراجعة أن دمج بين مطلبين أو نقل مطلب إلى مبحث.
- الاهتمام بالمصادر والمراجع الثانوية والفرعية على الرغم من وجود المصدر الأصلي للمعلومة.
- من الملاحظات المنهجية التي يمكن أن يقع فيها الباحث أن الخاتمة ليست ملخصاً للبحث أو اختصاراً له، بل أنها يجب أن تتضمن النتائج فقط التي توصل إليها الباحث من خلاله بحثه.