خاتمة البحث العلمي من حيث التنظيم يتم وضعها بعد مُحتوى البحث (الأبواب والفصول والمباحث)، وقبل قائمة المصادر والمراجع، ويختلف ذلك حسب دليل الجودة و الاعتماد الأكاديمي الخاص بكل جامعة حيث بعض الأدلة تقوم بوضع صفحات خاتمة البحث العلمي ضمن قسم أكبر يُعرف باسم قسم الخاتمة، الذي يشتمل على: النتائج، والتوصيات، والمُقترحات، والخاتمة.
تختلف كل أطروحة عن الأخرى ويحتاج الكتَّاب إلى تحديد ما يناسب احتياجاتهم الخاصة، وأسلوب الكتابة، و منهجية البحث المتبعة؛ ومع ذلك، فإن إدراك الأنماط والأنواع الشائعة يمكن أن يساعد الكتاب على اتخاذ قرارات حكيمة تناسب أطروحتهم الخاصة. إن هيكل الخاتمة في اي أطروحةٍ عادة ما يتبع بشكلٍ عام هذه المراحل أو الخطوات:
- إعادة صياغة تمهيدية لمشكلة البحث و/أو أهدافه و/أو سؤال البحث.
- ملخص النتائج و المحددات و العوائق.
- تطبيقات عملية/آثار مترتبة على العمل.
- توصيات علمية تحتاج إلى لمزيد من البحث العلمي .