لقيت نظرية فرويد في التحليل النفسي كثيرا من الذيوع والانتشار، ولكن يهمنا أن نذكر الملاحظات النقدية الآتية:
1- كان فرويده طبيب أعصاب متخصص، ولا علاقة لعلم الأعصاب بعلم النفس ولا حتى بالطب النفسي.
2- لم يكن فرويده مدربا على أصول المنهج العلمي: الملاحظة الموضوعية والتجريب واستخدام الطرق الإحصائية في معالجة النتائج. لقد كان طبيبا تهمه الحالة في العيادة فحسب.
3- الانتقال من الفروض إلى القوانين غير مسوغ، لقد بدت عظمته في أنه واضع نظرية تحمل عددا ضخما من الفروض التي تحتاج إلى دراسات تجريبية كثيرة للتحقق منها. واتضح ابتعاده عن المنهج العلمي بجلاء في نظرته إلى قروضه على أنها قوانين غير قابلة للجدل حولها ولا للتحقق منها بوساطة باحثين آخرين، لأنها هي هكذا في ذاتها واضحة الصدق (كما بين في بطاقة بريدية أرسلها للباحث سول روزنزفايج)، وهذا يجافي الروح العلمية تماما.
4- اعتمد سيجموند فرويد على عدة مسلمات وفرضيات فيسيولوجية قد يعترض عليها معظم علماء الأحياء.
5- عقدة أوديب حجر الزاوية في العلاج والنظرية التحليلية، وقد واجهت هذه العقدة نقدا شديدا نتيجة للدراسات على البدائيين والمتحضرين على السواء.
6- استمد فرويد نظرياته من على (الأريكة) التي كان يضطجع عليها مرضاه، وهم عينة صغيرة من طبقة ذات مواصفات خاصة، ونقصد المرضى المترددين عليه في عبادته بفيينا. ولقد رأى أن يعمم نظرياته التي استمدها من ملاحظاته في هذه الظروف الخاصة، على الإنسان في كل زمان ومكان، وهذا خطأ.
7- ينتمي التحليل النفسي إلى تاريخ الطب النفسي أكثر من ائتمانه إلى تيار علم النفس الأكاديمي (فونت مثلا)، حيث كان هذا التيار الأخير بمثـابة تمهيد التربة لعلم النفس الحديث الذي يدرس موضوعاته بطريقة موضوعية تجريبية.
8- كان فرويد يرد على نقاده بأن لا يهمه إلا أن المرضى يشفون بطريقته، ولكن اتضح أن العلاج بالتحليل النفسي مستهلك للوقت (حوالي ثلاث سنوات) والجهد والمال دون أن يحقق نسباً مرتفعة لشفاء الاضطرابات النفسية (يشفى حوالي ٥٠/ من المرضى مقابل نسبة شفاء ٩١ بطرق علاجية أحدث واقصر).
9- يتعين النظر إلى نظريات فرويد بعد كل ذلك - على أنها مجرد فروض لم تتأكد بعد.