إن المنهج الفلسفي يحاول توفير إجابات عقلية منطقية على جميع الأسئلة والمشاكل التي تتعلق بالحياة الإنسانية، وفي العصور الحديثة ظهرت العديد من الأشكال المتنوعة من الفلسفة الحديثة والتي تختلف عن المنهجية الفلسفية القديمة، ولكن المنهج الفلسفي اجتمع على بعض الطرق والأساليب الرئيسية عند استخدامه في البحوث العلمية والتي تتمثل في الآتي:
أولاً: طريقة الشك:
عن أفلاطون يقول "أن الفلسفة تبدأ من خلال الدهشة والتعجيب" وبصورة أخرى يقول أرسطو "أن الدهشة هي أول من قاد البشر إلى الفلسفة والتفكير ولا تزال تقودهم حتى الآن"، وفي أغلب الأحيان ما يبدأ تطبيق المنهجية الفلسفية من خلال إثارة بعض الشكوك حول معتقدات مقبولة من المجتمع أو البيئة المحيطة، مما يبرر ويدعم هذا الشك أننا مازلنا إلى الآن لا نفهم ولا نجد تفسير كافياً للظواهر الكونية أو العالمية المحيطة بنا.
ثانياً: صياغة الأسئلة:
من العناصر الأساسية في التفكير والمنهج الفلسفي صياغة الأسئلة التي يجب الإجابة عليها أو تحديد المشاكل التي يجب على الباحث إيجاد حلول لها، حيث أنه من البديهي عندما يقوم الباحث بتحديد الأسئلة أو المشكلة بدقة ووضوح يصبح حلها وإيحاد الحلول لها سهلاً، لذلك يفضل أكثر الفلاسفة عدم التسرع عند صياغة الأسئلة والحرص على صياغتها بصورة دقيقة وواضحة.
ثالثاً: اقتراح النظريات وإيجاد الحلول:
من العناصر الأساسية الأخرى في تطبيق المنهجية الفلسفية هو اقتراح نظرية أو تحليل مشكلة فلسفية مطروحة ومن ثم تقديم جميع الحجج والبراهين المنطقية التي تدعم هذه النظرية ويجب أن تكون النظريات والحلول المقترحة دقيقة وواضحة.
رابعاً: تقديم الحجج والمبررات والبراهين:
إن الحجج المنطقية تتكون من مجموعة من الأفكار المتناسقة والتي تنتهي بالاستنتاج حيث يجب أن يتم ربط سلسلة الأفكار هذه بروابط منطقية، حيث تُعَد الحجج والمبررات الفلسفية جزءاً هاماً من المنهج الفلسفي، ومن الصعب أن نجد فيلسوفاً لا يعتمد في منهاجيته على الحجج المنطقية، إذ تعد المحجة المنطقية عبارة عن بيان واضح دقيق ومنظم بتم من خلاله معالجة الشكوك الأساسية التي دقعت الباحث بدراسة هذه المشكلة والبحث عن حلول لها.
خامساً: النقد الفلسفي:
هناك دائماً بين الفلاسفة نقاش مضاد حول آرائهم ومقترحاتهم يسمى هذا بالنقد الفلسفي والذي يدعى بالجدلية الديالكتيكية، مع أن الجدلية بمعناها التاريخي تعني ببساطة محادثة فلسفية بين الناس الذين لا يتفقون مع بعضهم البعض حول شيء ما، ففي أغلب الأحيان تجد هناك جدل واسع واختلاف كبير بين الفلاسفة خصوصاً فيما يتعلق بالمسائل الكونية الجوهرية والتي يترتب عليه ضرورة وجود عنصر أساسي آخر يضاف للمنهج الفلسفي ويدعى "النقد الفلسفي".
سادساً: المحفزات والدوافع:
إن المنهجية الفلسفية تعتمد في أغلب الأحيان على الدوافع والمحفزات وذلك عن طريق فهم واستيعاب لماذا يتبنى الناس فلسفة معينة، والتي يجعلك دائماً أما عدد كبير من المفاهيم الأساسية الغير مفهومة أو واضحة بشكل جيد ومن أمثلتها (العقلانية، الزمن، السبب، المسبب، والعديد من التساؤلات الأخرى المشابهة) والتي تقوم بدورها كأحد الدوافع والمحفزات للدراسة والبحث.