يمكن استخدام البرنامج لرسم المركبات الكيميائية من خلال مجموعة من الأدوات التي تتيح إضافة الذرات والروابط وتعديل شكل التركيب.
الخطوة الأولى: إنشاء مستند جديد
بعد تشغيل البرنامج، يبدأ المستخدم بإنشاء مستند جديد من خلال خيار الملف الجديد (New Document)، لتظهر مساحة العمل التي يمكن رسم التراكيب الكيميائية عليها.
ويُفضل قبل البدء تحديد إعدادات الرسم المناسبة، مثل:
-
حجم الخط المستخدم في رموز العناصر.
-
طول الروابط الكيميائية.
-
المسافة بين الروابط والذرات.
-
حجم الرسم مقارنة بمساحة الصفحة.
-
إعدادات عرض النصوص والتسميات.
وتساعد هذه الإعدادات على المحافظة على اتساق الرسومات، خاصة عند إعداد عدد كبير من المركبات داخل البحث نفسه.
الخطوة الثانية: اختيار أداة الروابط الكيميائية
يختار المستخدم أداة الرابطة المناسبة من شريط الأدوات، ثم يرسم الروابط بين الذرات وفق البنية الكيميائية المطلوبة.
وتشمل أدوات الروابط الأساسية:
-
الرابطة الأحادية.
-
الرابطة الثنائية.
-
الرابطة الثلاثية.
-
الروابط الإسفينية الممتلئة.
-
الروابط الإسفينية المتقطعة.
-
أدوات الروابط المنحنية أو الخاصة بحسب الإصدار.
ويجب اختيار نوع الرابطة بناءً على التركيب الكيميائي الصحيح، وليس لمجرد تحسين الشكل البصري للرسم.
الخطوة الثالثة: إضافة الذرات والعناصر الكيميائية
يعتمد ChemDraw على تمثيل الكربون والهيدروجين بطريقة مختصرة في كثير من التراكيب العضوية، بينما تظهر العناصر الأخرى برموزها الكيميائية عند الحاجة.
ولإضافة عنصر محدد، يستطيع المستخدم تحديد موضع الذرة ثم إدخال رمز العنصر المناسب، مثل:
-
O للأكسجين.
-
N للنيتروجين.
-
S للكبريت.
-
P للفوسفور.
-
Cl للكلور.
-
Br للبروم.
كما يمكن إضافة رموز عناصر أخرى وفق نوع المركب والبنية المراد رسمها.
الخطوة الرابعة: رسم الحلقات الكيميائية
يوفر البرنامج أدوات لرسم الحلقات الشائعة، بدلًا من إنشاء كل رابطة بصورة منفصلة.
ويمكن الاستفادة من قوالب الحلقات في رسم:
وتساعد القوالب على توفير الوقت وتحسين انتظام الروابط والمسافات بين الذرات.
الخطوة الخامسة: إضافة المجموعات الوظيفية
بعد رسم الهيكل الأساسي للمركب، يمكن إضافة المجموعات الوظيفية وتحديد مواقع ارتباطها.
ومن أمثلتها:
-
الهيدروكسيل (OH).
-
الكربونيل (C=O).
-
الكربوكسيل (COOH).
-
الأمين (NH₂).
-
الأميد (CONH₂).
-
الإيثر (O).
ويجب التأكد من صحة مواضع الارتباط والتكافؤات الكيميائية قبل اعتماد الرسم النهائي.
الخطوة السادسة: إضافة الشحنات والنظائر والتفاصيل الخاصة
قد تتطلب بعض المركبات إظهار شحنات كهربائية أو نظائر ذرية أو جذور حرة أو تفاصيل بنائية غير اعتيادية.
ويمكن استخدام أدوات تحرير خصائص الذرات لتحديد هذه المعلومات، بحسب إمكانات الإصدار المستخدم.
وتحتاج هذه الخطوة إلى مراجعة دقيقة؛ لأن حذف شحنة أو كتابة نظير بطريقة غير صحيحة قد يؤدي إلى تغيير التمثيل الكيميائي للمركب.
الخطوة السابعة: ترتيب التركيب وتنظيف الرسم
بعد الانتهاء من رسم الجزيء، يمكن استخدام أدوات ترتيب وتنظيف التركيب (Structure Cleanup) لتحسين انتظام الروابط والمسافات والزوايا.
وتساعد هذه الوظيفة على جعل الرسم أكثر وضوحًا وتناسقًا، خصوصًا عندما يحتوي الجزيء على عدد كبير من الذرات والحلقات والمجموعات الوظيفية.
ومع ذلك، يجب مراجعة الشكل بعد التنظيف؛ فقد تحتاج بعض التراكيب المعقدة إلى تعديلات يدوية للحفاظ على طريقة العرض المطلوبة.