قد يكون العثور على الفجوات والتوصل إلى موضوعات أصلية ومبتكرة أمرًا صعبًا يحتاج جهد كبير ومعرفة كبيرة من قِبَل الباحث، مما يشكل تحديات كثيرة قد تواجه بعض الباحثين أثناء تحديد الفجوات البحثية في مجال دراستهم، وفيما يلي عرض لأهم هذه التحديات:
1- جهد التعامل مع كمية هائلة من المعلومات:
قد يكون هناك الكثير من الأسئلة التي لم تتم الإجابة عليها في نفس مجال تخصص الباحث. ولذلك قد يغمر الباحث عدد من الفجوات البحثية التي يتعثر فيها ويشعر بالارتباك بشأن أي منها يجب أن يركز عليه ويختاره.
2- صعوبة البحث بطريقة منظمة:
قد يجد بعض الباحثين صعوبة في تنظيم المعلومات التي جمعوها. ويمكن للمرء أن يفقد الأفكار بسهولة إذا لم يتم تدوينها بشكل صحيح.
3- التشكيك في المعايير المعمول بها:
بعض الباحثين ليسوا واثقين بما يكفي لتحديد المعرفة الموجودة في مجالهم وقد يترددون في التساؤل عما طرح الآخرون في عملهم.