يُعد اختيار المنهج العلمي من أهم المراحل التي يعتمد عليها نجاح البحث؛ إذ يساعد الباحث على دراسة الموضوع بطريقة منهجية تتناسب مع طبيعة الدراسات القرآنية وأهدافها. ويختلف المنهج المستخدم باختلاف موضوع البحث والإشكالية العلمية التي يتناولها.
وفيما يلي أبرز المناهج المستخدمة في أبحاث علوم القرآن:
١- المنهج الاستقرائي
يعتمد المنهج الاستقرائي على جمع النصوص القرآنية أو أقوال العلماء المتعلقة بموضوع الدراسة، ثم تصنيفها وتحليلها للوصول إلى نتائج علمية دقيقة.
ويُستخدم هذا المنهج بكثرة في الدراسات التي تتناول موضوعات القرآن الكريم أو القواعد العامة في علومه.
٢- المنهج التحليلي
يركز هذا المنهج على تحليل الآيات القرآنية أو أقوال المفسرين والعلماء، وبيان دلالاتها وربطها بموضوع البحث.
ويُعد من أكثر المناهج استخدامًا في الرسائل العلمية المتعلقة بالتفسير وعلوم القرآن.
٣- المنهج الوصفي
يهدف المنهج الوصفي إلى عرض الظواهر العلمية المتعلقة بعلوم القرآن كما هي، مع تحليل خصائصها وبيان أهميتها.
ويستخدم في الدراسات التي تتناول المفاهيم والمصطلحات والاتجاهات العلمية في علوم القرآن.
٤- المنهج المقارن
يقوم هذا المنهج على المقارنة بين آراء المفسرين أو مناهج العلماء أو المدارس التفسيرية المختلفة؛ بهدف إبراز أوجه الاتفاق والاختلاف بينها.
٥- المنهج الاستنباطي
يعتمد على استخراج الأحكام والفوائد والمقاصد من النصوص القرآنية وفق الضوابط العلمية المعتبرة.
ويكثر استخدامه في الدراسات التي تبحث في المقاصد القرآنية أو الأحكام المستنبطة من القرآن الكريم.