هناك العديد من المشكلات والتحديات التي تقف وراء رفض بعض المجلات العلمية للنشر وهي الأسباب العامة والأسباب العلمية والأسباب المتعلقة بعرض الموضوع والأسلوب بالإضافة إلى الأسباب المتعلقة بأخلاقيات البحث العلمي.
هكذا ووفقاً لبعض الدراسات يمكن تقسيم التحديات التي تواجه نشر البحوث العلمية في الوطن العربي إلى أربعة أنواع، وهي (تحديات ترتبط بالباحث، تحديات تتعلق بالجامعات التي ينتمي إليها الباحث، تحديات تتصل بميدان البحث العلمي، وتحديات ترتبط بالسياسات البحثية.
ويمكن القول بأن المعوقات التي تؤدي إلى رفض نشر البحوث العلمية يمكن أن تتلخص في بعض النقاط وهي كالآتي:
- نقص تدريب الباحثين على البحث العلمي وأساسياته.
- إن المقررات التي تطرحها الجامعات لا تساعد الباحث على المعرفة الكاملة بأصول البحث العلمي وقواعده.
- عدم وضع نتائج البحوث القائمة على أصول علمية موضع تطبيق.
- عدم توفير بيئة مناسبة لإجراء البحوث، سواء من حيث الإمكانيات أو التقبل أو الوعي بأهميته.
- عدم توافر بيئة قومية للبحث العلمي يتم فيها استعراض الأولويات وأهم المجالات التي تحتاج إلى إجراء البحوث من أجل علاج المشكلات المختلفة بأفضل الطرف وأقلها جهداً ووقتاً.
- محدودية أدوات القياس المستخدمة من مقاييس الاتجاهات والميول والذكاء ومستويات التفكير والاستبيانات التي يتم تعبئتها أحياناً بدون مصداقية، مما يؤثر بالسلب على نتائج البحث.
- وجود العديد من الأخطاء عند الباحثين أثناء صياغة الفرضيات واختبارها إحصائياً.
- عدم التزام الباحث العلمي بمعايير السلوك الأخلاقي في أنشطة البحث العلمي.
- غياب معايير علمية يحتكم إليها الباحثون في تقييم المجلات والأطروحات والرسائل العلمية مما يؤثر بالسلب على مصداقية البحث العلمي وجودته.