يتعامل نظام spss الإحصائي مع مجموعة من الملفات المختصة حسب المعلومات الموجودة فيها، وهناك ثلاث أنواع هامة من هذه الملفات والتي يتم استخدامها دائماً وهي كالآتي:
ملفات البيانات:
هي عبارة عن مجموعة من الملفات التي تحتوي على البيانات الخام والأصلية التي يتم إدخالها من خلال شاشة محرر البيانات (Data Editor) وتتميز هذه الملفات بأن اسمها دائم ينتهي ب (SAV)، لذلك فأي ملف ينتهي في نهاية اسمه ب SAV فإنه يحتوي على بيانات خام وأصلية.
ملفات المخرجات الإحصائية:
أو ما يقصد بنتائج الاختبارات الإحصائية وهي عبارة عن الملف الذي يحتوي على نتائج الاختبارات الإحصائية التي تظهر في شاشة المخرجات وتتميز هذه الملفات بأنها تنتهي دائما ب (SPO)، لذلك فأي ملف يحتوي على نتائج إجراءات إحصائية لابد وأن ينتهي ب SPO.
ملفات التعليمات:
هو عبارة عن ملف يحتوي على التعليمات المراد إجراءها كالإجراءات الإحصائية، ويتميز هذا الملف بأنه ينتهي ب (SPS)، لذلك فأي ملف تعليمات يجب أن ينتهي ب SPS.