عدم المطابقة بين رسم حرف الهجاء وصوته: حيث يتكون الحرف الهجائي من صوت الرمز والحركة المرافقة له، حيث يغلب في اللغة العربية الاتفاق بين نطق حروف الكلمة وكتاباتها، أي كتابة ما ينطق والعكس.
تشابه الكلمات في شكلها: يوجد هناك العديد من الكلمات المتشابه في الشكل ولكن تحمل معاني مختلفة، وتوجد العديد من الأخطاء الإملائية الكثيرة التي تحدث عند ضبط مثل هذه الكلمات، لأن طريقة الضبط تحتاج إلى جهد كبير ليتم التوصل إليها.
الارتباط الكبير بين قواعد الإملاء وقواعد النحو والصرف في اللغة: الأمر الذي يصاحب هذا الارتباط العديد من العلل النحوية والصرفية، مما أدى إلى فتح باب للتأويل وتعارض الآراء.
تشعب قواعد الإملاء وكثرة الاختلاف والاستثناء فيها: حيث يعاني العديد من المتعلمين من هذه المشكلة، فقليلاً ما تجد قاعدة إملائية تخلو من هذه الاختلاف، كما أن رسم الحروف يشكل صعوبة من صعوبات تعليم الإملاء وتعلمه.
اختلال القراءة والكتابة بسب اختلاف علامات الترقيم: يؤدي اختلاف الترقيم إلى اختلاف واضح في الفهم والإعراب، فالترقيم مرتبط بحالات الوصل والفصل، ويؤدي إلى اختلاف الإعراب، واختلاف الإعراب يؤدي إلى اختلاف الفهم.
اختلاف القراءة لاختلاف الكتابة: من عبقرية اللغة العربية أن طريقة كتابة لفظة من ألفاظها، تؤثر تأثيراً مباشراً في قراءتها أو تحدد تحديداً قاطعاً معناها المقصود على سبيل المثال (وقوع الهمزة المتوسطة في نقرؤه- لتقرأه- سنقرئك).