توجد عدة مبادئ أساسية يجب أن تتسم بها لجنة التحكيم العلمي، ولعل من أهمها الآتي:
- تقويم الخبراء.
- الشفافية.
- الموضوعية.
- الملائمة.
- السرية.
تقويم الخبراء:
يجب أن يكون لدى محكمي الأبحاث العلمية المعرفة اللازمة والخبرات المناسبة لتقويم مقترحات الأبحاث العلمية سواء على مستوى الإلمام بمجال البحوث المقترحة أو الأهداف المحددة والمنهجية المتبعة، كما يجب أن تُبنى عملية اختيار المحكمين وفقاً لمعايير واضحة.
الشفافية:
يجب أن تستند جميع القرارات المتخذة على قواعد واضحة وإجراءات ومعايير يتم نشرها مسبقاً وبطريقة علانية، ولمقدمي المقترحات البحثية الحق في الحصول على ردٍ وافٍ يساعد في تقويم مقترحاتهم.
الموضوعية:
يجب أن يتم تقويم المقترحات البحثية بشكل عادل بناءً على جدارتها، وأن يتم الإعلان عن تضارب المصالح ويدار وفقاً لآليات محددة ومنشورة.
الملائمة:
إن عملية التحكيم في الأبحاث العلمية ينبغي أن تكون متسقة مع طبيعة طلب المقترحات البحثية ومجال البحث المطروح، وذلك بما يتوافق مع حجم الاستثمار المجالات المتداخلة في البحث.
السرية:
يجب أن تتعامل جميع المقترحات البحثية بما في ذلك جميع البيانات ذات صلة والملكة الفكرية وغيرها من الوثائق بمبدأ السرية التامة من قِبَل المحكمين والمنظمات المشاركة في عملية التحكيم، بالإضافة إلى أن تتسم عملية التحكيم بالأمانة وأن تُبنى على أساس الأخلاقيات والنزاهة.