رغم شيوع استخدام طريقة المقابلة في البحث العلمي إلا أن هناك كثير من الأخطاء التي تؤثر في نتائجها، ومن هذه الأخطاء:
1- قد يتأثر الباحث العلمي بالمظهر الشخصي للمفحوص أو بطريقة كلامه أو استجاباته، فقد ترتبط عنده خبرات ذاتية ذات معنى خاص. فإذا حدث أن كانت طريقة المفحوص في الكلام تشبه والد الباحث العلمي أو تشيه طريقة أحد أعدائه.
2- التأثر بالعوامل الذاتية للباحث العلمي، فقد يتأثر بميوله أو أهدافه واتجاهاته بطريقة تجعله يلقي السؤال بأسلوب يوحي إلى المفحوص بالإجابة. كذلك قد يتأثر الباحث العلمي في تفسير البيانات التي حصل عليها، فيفسرها حسب وجهة نظره. ولقد أثبت صحة هذه الحقيقة من خلال القيام بتحليل نتائج مقابلة ٣٠٠٠ حدثا تم فحصهم عن طريق المقابلة ١٢ أخصائيا مدربا بقصد التوصل إلى معرفة أسباب تشردهم، وكان البحث العلمي شخص متحمس لتحريم الخمور وآخر من دعاة الفلسفة الاشتراكية.
3- من الأمور التي قد تفسد نتائج المقابلة اعتقاد الباحث العلمي بأن العادات السلوكية عادات عامة وليست عادات نوعية، ولكن هذه العادات نوعية والتعميم فيها غير جائز، فقد يكون الفرد بطيئا في الكلام ولكنه سريع الحركات.
4- كذلك عدم تحديد معاني الكلمات يؤدي إلى عدم صدق المقابلة في البحث العلمي. فقد يستخدم الباحث العلمي كلمة معينة بمعنى معين وقد يفهمها المفحوص بمعنى آخر. ولقد أسفرت إحدى الدراسات التي قام الباحث العلمي فيها بتعريف الكلمات تعريفا دقيقا إلى أن مثل هذا التحديد يساعد على تحسين نتائج المقابلة. كذلك يساعد إتباع طريقة منظمة وتحديد الأسئلة في شمول المقابلة في البحث العلمي وملاحيتها ودقتها.
5- في أثناء المقابلة يلتقي المفحوص بشخص لا يعرفه لأول مرة، ولذلك فقد يشعر بالاضطراب والخوف وقد يؤدي ذلك إلى اضطراب استجاباته ومن أجل ذلك يحسن أن تكون هناك مقدمة للمقابلة في البحث العلمي حتى يشعر المفحوص بالألفة والأمان. ولذلك هناك محاولات مختلفة للارتفاع بمستوى المقابلة في البحث العلمي وتحسين نتائجها ومن ذاك تدريب القائمين بها.